Na kolejny mecz pomiędzy tymi zespołami kibice musieli czekać ponad ćwierć wieku - aż do sezonu 2001/2002, kiedy to oba zespoły po latach posuchy awansowały do II ligi. Zanim jednak doszło do pojedynku tych drużyn w rozgrywkach ligowych obie zmierzyły się przed sezonem w I rundzie Pucharu Ligi. Oba spotkania zakończyły się remisami (1:1 i 0:0), jednak o awansie do kolejnej rundy żółto-czerwonych zdecydował gol zdobyty na wyjeździe przez Zbigniewa Szugzdę.
W rozgrywkach ligowych lepsi okazali się gdynianie, którzy na własnym stadionie zwyciężyli 1:0, zaś w Białymstoku zremisowali 0:0. W drugim z tych spotkań w żółto-czerwonych barwach debiutował Dariusz Łatka, zespole gości - Łukasz Nawotczyński, który w sezonie 2007/08 grał w Jagiellonii.
Kolejne cztery spotkania obu drużyn zakończyły się remisami. W sezonie 2003/04 w Gdyni padł bezbramkowy remis, zaś w Białymstoku było 2:2. W meczu tym po raz pierwszy w Białymstoku z chorągiewką na linii biegała kobieta - Katarzyna Nadolska.
W kolejnym sezonie wyniki te zostały powtórzone. W pierwszym meczu w Białymstoku padł remis 2:2. Prowadzenie dla Jagiellonii uzyskał w ostatniej minucie pierwszej połowy Przemysław Kulig. W 49. minucie z rzutu karnego do remisu doprowadził Krzysztof Piskuła. Odpowiedź Jagi była natychmiastowa i dwie minuty później było już 2:1, a zdobywcą bramki został Tomasz Pawlak. Gdy w 82. minucie za drugą żółtą, a w efekcie czerwoną kartkę boisko opuścił Piskuła, wydawało się, że nic nie zabierze Jadze zwycięstwa. Jednak już w doliczonym czasie gry ambitnie walczący gdynianie doprowadzili do wyrównania po celnej główce Bartosza Ławy. Mecz rewanżowy w Gdyni (0:0) rozgrywany był w scenerii piłkarskiego pikniku, gdyż już wcześniej gdynianie zapewnili sobie awans do ekstraklasy i w tym meczu fetowali powrót do elity.
W czerwcu 2006 roku obie drużyny spotkały się w meczu barażowym o Ekstraklasę. Dwukrotnie górą w tych spotkaniach była Arka Gdynia, która w Białymstoku wygrała 2:0, natomiast w Gdyni 2:1. Po tych zwycięstwach gdynianie zapewnili sobie utrzymanie w ekstraklasie, a Jaga rozpoczęła kolejny sezon w drugiej lidze.
Na najwyższym szczeblu rozgrywkowym obie drużyny spotkały się do tej pory zaledwie raz. Inauguracja sezonu 2008/09 w Gdyni zakończyła się remisem 1:1. Gospodarze objęli prowadzenie po strzale Dariusza Żurawia na początku drugiej połowy, natomiast dwadzieścia minut później Everton Antonio Pereira doprowadził do wyrównania.
Ekstraklasa (dawna I liga):
10 sierpnia 2008r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 1:1 (0:0)
1:0 - Żuraw 51'
1:1 - Everton 71'
Arka Gdynia: Witkowski - Sokołowski, Żuraw, Łabędzki, Płotka - Karwan (73' Trytko), Przytuła, Ulanowski, Ława, Wachowicz (82' Niciński) - Zakrzewski.
Jagiellonia Białystok: Lech - Łatka, Staňo, Skerla, Everton - Dzienis (60' Renusz), Hermes, Jarecki (83' Lewczuk), Szczot - Niedziela (60' Tumicz), Arifović.
Żółte kartki: Wachowicz, Zakrzewski, Trytko, Przytuła (Arka) oraz Skerla (Jagiellonia).
Sędzia: Marcin Borski (Warszawa).
Widzów: 10.000 (gości: 300).
Baraże o EkstrakIasę (dawną I ligę):
15 czerwca 2006r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 0:2 (0:1)
0:1 - Pilch 29'
0:2 - A. Kubik (sam.) 90'
Jagiellonia Białystok: M. Zając - Nawotczyński, Kolasa, Markiewicz, A. Kubik - Sobociński, Chańko, Trzeciakiewicz, Łatka (76' Żuberek) - T. Moskal (72' Kobeszko), Konon.
Arka Gdynia: Witkowski - Kościelniak, Jawny, Sobieraj, Jakosz - Nawrocik, Ulanowski, Parzy (90' Pudysiak), Moskalewicz, R. Wróblewski - Pilch (79' Griszczenko).
Żółte kartki: R. Wróblewski, Pilch, Kościelniak, Nawrocik (Arka).
Sędzia: Krzysztof Słupik (Tarnów).
Widzów: 7.500 (gości: 260).
18 czerwca 2006r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 2:1 (2:0)
1:0 - Moskalewicz 1'
2:0 - Niciński 3'
2:1 - Chańko (k.) 76'
Arka Gdynia: Witkowski - Kościelniak, Jawny, Sobieraj, Jakosz - Ława (69' Hryszczenko), Ulanowski, Moskalewicz, R. Wróblewski (90' Gorząd) - Nawrocik (46' Parzy), Niciński.
Jagiellonia Białystok: M. Zając - Nawotczyński, Markiewicz, Chańko - Łatka, Trzeciakiewicz (71' Sobociński), Zalewski, P. Sobolewski - Kobeszko, Konon, T. Moskal (72' Żuberek).
Żółta kartka: P. Sobolewski (Jagiellonia).
Sędzia: Grzegorz Gilewski (Radom).
Widzów: 8.000 (gosci: 250).
Arka utrzymała się w Ekstraklasie.
I liga (dawna II)
27 września 1975r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 1:1 (0:0)
1:0 - Zawiślan 65'
1:1 - Pietrzykowski 80'
Jagiellonia Białystok: Sikorski - Stankiewicz, Łapicz, Szwejkowski, Drumski - Skoczylas (65' Gościłowicz), Karalus, Pietrzyk, Żukowski - Sieliwonik, Zawiślan.
Arka Gdynia: Żemojtel - Bochentyn, Kliński, Biliński, Pietrzykowski - J. Kupcewicz, Dybicz, Wiśniewski - Szybalski, Tandecki, Kwiatkowski.
Sędzia: Boniecki (Warszawa).
Widzów: 4.000.
11 kwietnia 1976r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 2:0 (1:0)
1:0 - Tandecki 8'
2:0 - Kiliński (k.) 69'
Arka Gdynia: Żemojtel, Wiśniewski, Kliński, Bieliński, Pietrzykowski, Dybicz, Mikulski, J. Kupcewicz, Z. Kupcewicz, Tandecki, Kwiatkowski.
Jagiellonia Białystok: Sikorski, Stankiewicz, Łapicz, Gościłowicz, Szwejkowski, Cieślik, Laskowski, Pietrzyk, Sieliwonik (46' Karalus), Zawiślan, Drumski.
Żółte kartki: Gościłowicz, Szwejkowski (Jagiellonia).
Sędzia: Ryszard Sobiecki (Warszawa).
Widzów: 15.000.
18 sierpnia 2001r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 1:0 (1:0)
1:0 - Kobus (k.) 1'
Arka Gdynia: Wosicki - Radoń, Fornalak (70' Merchut), Witt, Kowalski, Ulanowski, Lewna (58' Brede), Kalkowski (67' Laskowski), Murawski, Kobus, Smarzyński.
Jagiellonia Białystok: Dilys - Sorokinas, Biedrzycki, D.Prokop (72' Papiernik), Łągiewka, Bańkowski, (46' Saulenas), Zalewski (46' Maciejczuk), Dzienis, Z.Szugzda, Żuberek, Jakóbczak.
Żółte kartki: Kobus (Arka) oraz Bańkowski, Maciejczuk (Jagiellonia).
Sędzia: Zbigniew Lisiecki (Poznań).
Widzów: 4.500 (gości: 42).
3 marca 2002r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 0:0
Jagiellonia Białystok: Dymek - Rzeczycki, Kulig (46' Czykier), Smoliński - Zalewski - Chrobot, Łatka, Danielewicz, Żuberek - Grad (60'Szarnecki), Kobeszko (68' Ostrowski).
Arka Gdynia: Szyszko - Nawotczyński, Fornalak, Stencel, Wódkiewicz - Smarzyński, Radoń, Ulanowski, R.Wilk - Bajera (73' Rusinek), Kułyk (90' Kołaczyk).
Żółte kartki: Łatka (Jagiellonia) oraz Nawotczyński, Fornalak (Arka).
Sędzia: Mariusz Górski (Łódź).
Widzów: 3.500.
13 sierpnia 2003r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 0:0
Arka Gdynia: Wyłupski - Kowalski, Siara, M. Woroniecki, Serocki - Ulanowski, Pudysiak (46' Smarzyński), Toborek (57' R. Murawski), Stasiuk - Kułyk (46' Podstawek), Kukulski.
Jagiellonia Białystok: Olszewski - Kulig, Kośmicki, Zalewski, Tupalski - Dzienis, Łatka, Speichler (64' Żuberek), Chańko (76' P.Sobolewski) - Danielewicz, Kobeszko (70' Reginis).
Żółte kartki: Kowalski, Serocki, Toborek (Arka) oraz Tupalski, Łatka, Żuberek (Jagiellonia).
Sędzia: Marcin Pracz (Szczecin).
Widzów: 2.500 (gości: 64).
20 marca 2004r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 2:2 (1:1)
0:1 - Dymkowski 17'
1:1 - Kulig 44'
2:1 - Reginis 56'
2:2 - Kozłowski 89'
Jagiellonia Białystok: Załuska - Kulig, Kośmicki, Wołczyk, Warakomski - Dzienis, Speichler, Danielewicz, Żuberek (76' Strzeliński) - Reginis (78' Tyczkowski), Kobeszko.
Arka Gdynia: Wyłupski - Siara, Bednarz, Woroniecki, Jeziorski - Pudysiak, R.Murawski, Bartoszewicz (67' Stencel), Ulanowski (71' Kozłowski) - Gregorek (67' Aleksander), Dymkowski.
Żółte kartki: Danielewicz (Jagiellonia) oraz Pudysiak, Murawski, Bartoszewicz (Arka).
Sędzia: Janusz Oparcik (Radom).
Widzów: 6.000 (gości: 84).
13 listopada 2004r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 2:2 (1:0)
1:0 - Kulig 45'
1:1 - Piskuła (k.) 49'
2:1 - Pawlak 52'
2:2 - Ława 90+3'
Jagiellonia Białystok: Załuska - Kulig, Napierała, Kolasa, Zalewski - Łatka, Speichler, Markiewicz, Sobolewski - Pawlak (85' Dzienis), Konon (74' Żuberek).
Arka Gdynia: Chamera - Wojnecki, Woroniecki, Sobieraj, Kowalski - Pudysiak, Murawski, Piskuła, Griszczenko - Pilch (90' Chrzanowski), Ława.
Żółte kartki: Speichler, Pawlak, Żuberek (Jagiellonia) oraz Piskuła, Ława (Arka).
Czerwona kartka: Krzysztof Piskuła - 82' za drugą żółtą (Arka).
Sędzia: Artur Radziszewski (Warszawa).
Widzów: 6.000 (gości: 350).
11 czerwca 2005r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 0:0
Arka Gdynia: Chamera - Ł.Kowalski, Jawny, Majda, Pudysiak (70' Jelonkowski), Piskuła, Sobieraj, Hryszczenko, Bartoszewicz - Patalan (82' Ława), Pilch.
Jagiellonia Białystok: Olszewski - Kulig, Nawotczyński, Kolasa, Chańko - Konon (70' Świerzbiński), Speichler, Zalewski, P.Sobolewski - Pawlak (90' Matys), Żuberek (60' Kobeszko).
Żółta kartka: Pudysiak (Arka).
Sędzia: Jacek Granat (Warszawa).
Widzów: 10.000 (gości: 0).
Puchar Ligi
I runda
15 lipca 2001r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 1:1 (1:0)
1:0 - Rybkiewicz 36'
1:1 - Z. Szugzda 82'
Arka Gdynia: Zagórski - Merchut, Kowalski, Witt, Radoń - Lewna (58' Ulanowski), R. Murawski, Stencel, Hartmann - Rybkiewicz (58' Godlewski), Kobus (58' Laskowski).
Jagiellonia Białystok: Dymek - Kulig, Maciejczuk, Sorokinas, Tupalski (46' Zalewski) - Dzienis, A. Dąbrowski (81' Marcinkiewicz), Z. Szugzda - Saulenas (75' Waluk), Jakóbczak, Dienisienia.
Żółta kartka: Stencel (Arka).
Sędzia: Marcin Pracz (Szczecin).
Widzów: 2.500.
19 lipca 2001r.
Jagiellonia Białystok - Arka Gdynia 0:0
Jagiellonia Białystok: Dilys - Kulig, A.Dąbrowski, Maciejczuk, Tupalski - Dzienis (87' Wołczyk), Sorokinas (46' Zalewski), Bilke - Z. Szugzda, Dienisienia (74' Waluk), Jakóbczak.
Arka Gdynia: Wosicki - Radoń (7' Rybkiewicz), Witt, Kowalski, Fornalak - Hartmann (66' Laskowski), Ulanowski, Stencel, Merchut - Kalkowski, Kobus (74' R. Murawski).
Żółte kartki: Tupalski (Jagiellonia) oraz R. Murawski (Arka).
Sędzia: Mariusz Górski (Łódź).
Widzów: 8.000.
Jagiellonia Białystok awansowała do II rundy.
Ogółem rozegrano 13 spotkań, z czego:
Zwycięstwa Jagiellonii: 0.
Remisy: 8.
Zwycięstwa Arki: 5.
Stosunek bramek: 14:8 dla Arki.
