21 września 2010 roku Sebastian Boenisch przeszedł zabieg artroskopii kolana. Pierwsze diagnozy mówiły o półrocznej przerwie, jednak 7 września minął okrągły rok, odkąd 24-latek rozegrał swój ostatni mecz - 1:2 z Australią w Krakowie.
Reprezentant Polski w końcu maja przedłużył o rok kontrakt z Hanzeatami. Nadal jednak nie trenuje, a jedynie przechodzi rehabilitację w Duesseldorfie. - Lekarze ustalili, że będzie dla mnie korzystne, jeśli jeszcze przez 3 tygodnie będę poddany indywidualnej opiece - powiedział na łamach Kreiszeitung pochodzący z Gliwic zawodnik.
Boenisch najpierw, w połowie października, zacznie trenować indywidualnie, a dopiero po pewnym czasie z drużyną Thomasa Schaafa. Mało prawdopodobne, by wrócił do kadry meczowej wicelidera Bundesligi jeszcze w rundzie jesiennej.
Zarówno w klubie, jak i w kadrze Boenischa czeka trudne zadanie. W Werderze na jego pozycji - lewej obronie - świetnie spisują się Aleksandar Ignjovski i Lukas Schmitz, a wkrótce do pełni sił dojdzie Mickael Silvestre. Z kolei w reprezentacji coraz silniejszą pozycję u Franciszka Smudy ma defensor Legii, Jakub Wawrzyniak.
