Trener Zajączkowski dotąd związany był z Wisłą Płock (ostatnio Orlen Wisłą Płock). W płockim klubie pracował jako szkoleniowiec (od 1992 roku do 2000 roku i od 2006 do 2008 roku). W 2008 roku pod jego wodzą Wisła wywalczyła dublet (mistrzostwo Polski i Puchar Polski). W 2009 roku decyzją płockiej rady nadzorczej został wiceprezesem klubu do spraw sportowych. Na okres trwania kontraktu zawiesił karierę trenerską.
Bogdan Zajączkowski ma za sobą także doświadczenia związane z pracą z reprezentacją Polski seniorów i młodzieży.
