II liga (dawna III)
W ostatnim spotkaniu sezonu 2000/01 Jagiellonia wybrała się do Warszawy na mecz z rezerwami warszawskiej Legii. Spotkanie dla żółto-czerwonych nie miało wielkiego znaczenia, bowiem awans Jagiellończycy zapewnili sobie już wcześniej. Z prestiżowego punktu widzenia urwanie punktów Wojskowym doprowadziłoby do tego, że Jaga awansowałaby z pierwszego miejsca w tabeli. Porażka sprawiła, że białostoczanie zostali wyprzedzeni przez rezerwy Wojskowych i spadli na drugą lokatę. Z racji tego, że stołeczna drużyna nie mogła grać wyżej, promocję na zaplecze ekstraklasy uzyskała Jagiellonia.
21 czerwca 2001r.
Legia II Warszawa - Jagiellonia Białystok 1:0 (1:0)
1:0 - Dębiński 43'
Skład Jagiellonii: Dymek - D. Prokop, Bańkowski, Zalewski, Manelski, Z. Szugzda, Dzienis, Danielewicz, Tupalski, Andrzejewski (75. Waluk), Głębocki.
I liga (dawna II)
Olbrzymie emocje towarzyszyły ostatniej potyczce żółto-czerwonych w sezonie 2001/02. Stawka meczu była ogromna - walka toczyła się o pozostanie w drugiej lidze. Jagiellonia musiała nie tylko pokonać Świt Nowy Dwór Mazowiecki, a także liczyć na to, że lider tabeli - Lech Poznań urwie punkty w Łodzi ŁKS-owi. Kolejorz w lidze bił wszystkich i powinien gładko pokonać łodzian na ich terenie. Do momentu starcia z ŁKS-em poznaniacy przegrali zaledwie jedno spotkanie. Do przerwy wszystko układało się po myśli kibiców i piłkarzy Jagiellonii - Jaga wygrywała, zaś Lech prowadził z biało-czerwono-białymi 1:0... I nadeszła piętnastominutowa przerwa, podczas której oczywistym stało się, kto spadnie z ligi. Kilka minut po wznowieniu gry ŁKS wyrównał (zawodnicy Kolejorza "uciekli" od piłki), a chwilę później zapewnił sobie utrzymanie. Oczywiście po rzucie karnym. I takim oto sposobem Jagiellonia znalazła się ponownie w trzeciej lidze.
5 maja 2002r.
Jagiellonia Białystok - Świt Nowy Dwór Mazowiecki 4:2 (4:1)
0:1 - Lewicki 5'
1:1 - Kubsik 8'
2:1 - Żuberek 18'
3:1 - Kobeszko 23'
4:1 - Kobeszko 40'
4:2 - Wrzesiński 52'
Skład Jagiellonii: Dymek - Kulig, Rzeczycki (46. Bańkowski), Smoliński, Łągiewka (74. Ostrowski) - Łatka, Chrobot, Kubsik, Szarnecki (46. Walukiewicz) - Żuberek, Kobeszko.
II liga (dawna III)
Jako, że żółto-czerwoni długo walczyli z Gwardią Warszawa o awans - ostatecznie mając dziewięć punktów przewagi nad rywalami znaleźli się ponownie na zapleczu ekstraklasy. Awans w Białymstoku świętowany był dwie kolejki wcześniej - po meczu ze Stalą Głowno. Tak więc ostatnie ligowe starcie w sezonie 2002/03 z Legionovią Legionowo stało pod znakiem typowej scenerii piknikowej. Goście utrzymanie w trzeciej lidze zapewnili sobie już wcześniej, więc na Jurowiecką przyjechali bez żadnego ciśnienia. Kibice Jagiellonii wraz z piłkarzami godnie pożegnali ten szczebel rozgrywkowy. Spotkanie z Legionovią zakończyło się pewnym zwycięstwem żółto-czerwonych.
14 czerwca 2009r.
Jagiellonia Białystok - Legionovia Legionowo 3:1 (1:0)
1:0 - Dzienis 33'
2:0 - Szarnecki (sam.) 73'
3:0 - Kobeszko 79'
3:1 - Tomczyk 80'
Skład Jagiellonii: Olszewski - Kulig, Wołczyk, Marcinkiewicz, Tupalski - Dzienis (83. Strzeliński), Speichler, Walukiewicz (72. Chrobot), Grygoruk - Kobeszko (86. Świerzbiński), Danielewicz (72. Tyczkowski).
I liga (dawna II)
Ostatni mecz sezonu 2003/04 Jagiellonii z Ruchem Chorzów miał ogromny wpływ na ostateczny kształt tabeli. Starcie Jagiellończyków z Niebieskimi było prawdziwą wojną - tylko zwycięzca mógł się utrzymać na zapleczu ekstraklasy, bez konieczności rozgrywania meczów barażowych. Spotkanie zakończyło się skromnym zwycięstwem białostoczan, a bramkę na wagę trzech punktów, a przede wszystkim utrzymania, zdobył trzy minuty po przerwie wychowanek Jagi - Wojciech Kobeszko.
11 czerwca 2004r.
Jagiellonia Białystok - Ruch Chorzów 1:0 (0:0)
1:0 - Kobeszko 48'
Skład Jagiellonii: Olszewski - Kulig, Kośmicki, Zalewski, Warakomski (46. Reginis) - Dzienis (85. Strzeliński), Chańko, Speichler, P. Sobolewski - Danielewicz (76. Wołczyk), Kobeszko.
I liga (dawna II)
Na zakończenie sezonu 2004/05 Jagiellończycy pojechali do Gdyni. Spotkanie z żółto-czerwonymi dla Arki nie miało istotnego znaczenia. Gospodarze na trybunach fetowali powrót do ekstraklasy, a obie drużyny nie porwały swoją grą licznie zgromadzonej publiczności. Jaga prowadzona przez Adama Nawałkę zdobyła punkt, który sprawił, że białostoczanie spełnili plan minimum postawiony przed sezonem - zajęli miejsce w pierwszej szóstce, a dokładniej - szóstą pozycję.
11 czerwca 2005r.
Arka Gdynia - Jagiellonia Białystok 0:0
Skład Jagiellonii: Olszewski - Kulig, Nawotczyński, Kolasa, Chańko - Konon (70. Świerzbiński), Speichler, Zalewski, P. Sobolewski - Pawlak (90. Matys), Żuberek (60. Kobeszko).
I liga (dawna II)
W ostatniej potyczce sezonu 2005/06 Jagiellonia zagrała w Sosnowcu z miejscowym Zagłębiem. Stawką spotkania było trzecie miejsce - gwarantujące udział w barażach o ekstraklasę. Mecz z Zagłębiem przygotowany był tylko dla kibiców o mocnych nerwach. Obie jedenastki musiały sięgnąć po komplet punktów - w przypadku remisu zostałyby pogodzone przez Śląsk Wrocław. Zwycięstwo Jagi przyszło w wielkich mękach. Ten mecz do tego momentu budzi piękne wspomnienia w głowach jagiellońskich fanów. Po raz kolejny gola, który złotymi głoskami wpisał się w historię białostockiej piłki, strzelił Kobeszko.
10 czerwca 2006r.
Zagłębie Sosnowiec - Jagiellonia Białystok 1:2 (0:1)
0:1 - Trzeciakiewicz 37'
1:1 - Lachowski 76'
1:2 - Kobeszko 81'
Skład Jagiellonii: M. Zając - Zalewski, Markiewicz, Kolasa, A. Kubik - Sobociński (66. Piegzik), Trzeciakiewicz, Chańko, P. Sobolewski - Moskal (69. Kobeszko), Konon (87. Żuberek).
I liga (dawna II)
Po przegranych, "ustawionych", barażach z Arką Gdynia Jagiellończycy musieli zagrać kolejny raz w drugiej lidze. Sezon 2006/07 był ostatnim, w którym Jagiellonia występowała na zapleczu ekstraklasy. Awans Jaga wywalczyła kolejkę wcześniej po zwycięstwie w Sosnowcu. Po spotkaniu z Unią Janikowo w Białymstoku odbyła się feta z okazji awansu do piłkarskiego raju. Feta, jakiej dawno Białystok nie widział. Troszkę zmącił ją (ale tylko na chwilę) remis z Unią Janikowo, ponieważ goście strzelili dwie bramki w końcówce i tym samym doprowadzili do remisu. Po meczu wszyscy udali się do centrum miasta, gdzie świętowano powrót w szeregi ekstraklasy.
9 czerwca 2009r.
Jagiellonia Białystok - Unia Janikowo 2:2 (2:0)
1:0 - Ciesielski (sam.) 33'
2:0 - Dzienis 43'
2:1 - Młodzieniak 83'
2:2 - Morou 85'
Skład Jagiellonii: Banaszyński - Łatka, Nawotczyński, Wałdoch (75. Konon), Wasiluk - Dzienis, Markiewicz, Naskręt (28. Sotirović), Marczak (61. Chańko), J. Wolański - Sobociński.
Ekstraklasa (dawna I liga)
Z pewnością o ostatnim spotkaniu poprzedniego sezonu Jagiellończycy chcą jak najszybciej zapomnieć. Pogrom 0:4 tylko podsumował fatalne dokonania żółto-czerwonych w rundzie wiosennej. Ta porażka sprawiła, że Jagiellonia przez kilkadziesiąt dni musiała drżeć, czy przyjdzie jej zagrać w barażach o utrzymanie (na które "zasłużyła"). Jaga była jedną z marionetek PZPN - przerzucano ją z Gdyni, przez Białystok do Gliwic i ostatecznie do stolicy Podlasia. Werdykt Polskiego Związku na zakończenie cyrku był taki, że baraże jednak się nie odbędą. Białostoccy piłkarze tym samym nie mieli wakacji. A czy na nie zasłużyli?
10 maja 2008r.
Ruch Chorzów - Jagiellonia Białystok 4:0 (1:0)
1:0 - Janoszka 27'
2:0 - Feruga 67'
3:0 - Pulkowski 78'
4:0 - Ćwielong 81'
Skład Jagiellonii: Sandomierski - Norambuena, Nawotczyński, Kałużny, Wasiluk (52. Niedziela) - Renusz, Markiewicz (71. Tumicz), Kwiek, Sobociński (46. Bruno), Jarecki - Sotirović.
