Rui Costa w wieku 10 lat trafił do Benfiki Lizbona. W swojej karierze przez 12 lat występował on także we Włoszech we Fiorentina i AC Milan (zdobył z nim Scudetto i triumfował w Lidze Mistrzów). W maju 2006 roku pomocnik powrócił do ojczyzny i związał się ponownie z Benfiką.
Futbolista w latach 1993-2004 wystąpił w 94 meczach reprezentacji Portugalii, w których zdobył 26 bramek.
Teraz pomocnik oświadczył, iż po bieżącym sezonie zamierza udać się na piłkarską emeryturę.
- Zawsze pragnąłem tego, aby zakończyć swoją karierę w Benfice i jestem dumny, że to mi się udało. Jestem zadowolony z tego, co osiągnąłem. Udowodniłem, iż jestem prawdziwym profesjonalistą - powiedział trzydziestopięciolatek portugalskiej gazecie Record.