Kowalski w pierwszej drużynie Wisły rozegrał 16 oficjalnych meczów. Zadebiutował w niej w lutym 2008 roku w ćwierćfinałowym meczu Pucharu Ekstraklasy. W ekstraklasie pierwszy raz wystąpił pół roku później.
W minionym sezonie "Kowal” był wypożyczony do pierwszoligowej Termaliki Bruk-Bet Nieciecza, dla której rozegrał 16 spotkań. Wcześniej od stycznia 2009 roku do czerwca 2010 roku był wypożyczony do Piasta Gliwice. Ogółem w ekstraklasie rozegrał 32 mecze i zdobył jedną bramkę (w barwach Piasta z Cracovią).