Dwudziestojednolatek przeniesie się do HSV po rundzie wiosennej za darmo. W lecie wygasa mu bowiem kontrakt z klubem z Badenii-Wirtembergii. Z hamburskim pierwszoligowcem związał się on do 30 czerwca 2012 roku.
- Jesteśmy zadowoleni, iż udało się podpisać umowę - powiedział dyrektor sportowy HSV, Dietmar Beiersdorfer, a następnie dodał: - Uważnie obserwowaliśmy Jonathana i jesteśmy pewni, że w naszym zespole będzie on pożyteczny ze względu na swoją szybkość oraz technikę.
W bieżącym sezonie 2. Bundesligi Pitroipa w barwach SC Freiburg zagrał 14 meczów, w których zdobył 4 gole.