Nowak trafił do Ruchu z Jastrzębia zimą 2003 roku. Wcześniej zawodnik próbował swoich sił w Odrze Wodzisław, ale ostatecznie nie podpisał z drużyną z ulicy Bogumińskiej kontraktu. Na debiut w pierwszej lidze wtedy 21-letni piłkarz nie musiał czekać zbyt długo. Już w pierwszym wiosennym meczu niedoświadczony bramkarz stanął między słupkami bramki Ruchu. Podstawowy golkiper Niebieskich Marek Matuszek musiał pauzować za nadmiar żółtych kartek i przed Nowakiem otwarła się szansa na grę. Na inaugurację wiosny rywalem chorzowian była krakowska Wisła. Do 40. minuty Nowak utrzymywał czyste konto. W ciągu kolejnych 60 sekund Ruch stracił po uderzeniach Marcina Kuźby dwa gole i marzenia o czystym koncie bramkowym trzeba było odłożyć na następne mecze. W pojedynku z Białą Gwiazdą Nowak skapitulował po raz trzeci w 80. minucie, gdy z rzutu karnego pokonał go ponownie Kuźba. Warto dodać, że podczas pięciu lat występów przy Cichej Nowakowi ani razu nie udało się obronić karnego.
Pomimo puszczonych trzech goli w następnym meczu młody bramkarz Ruchu ponownie otrzymał szansę gry. Chorzowianie wywieźli punkt z derbowego meczu w Zabrzu, a Nowak po raz pierwszy mógł się cieszyć z czystego konta. W kolejnym pojedynku Ruch pokonał w Ostrowcu KSZO 2:0 i... bramkarz Niebieskich na dłużej stracił miejsce w składzie. Do drużyny wrócił w 26. kolejce, gdzie we Wronkach chorzowianie ulegli Amice 1:2. W następnej serii spotkań Niebiescy grali z Zagłębiem w Lubinie. Ruch po emocjonującym meczu przegrał 1:2, tracąc gole po strzałach z karnego i wolnego. Bohaterem Zagłębia był Andrzej Szczypkowski, autor dwóch bramek. Po nerwowym końcu meczu (trzy czerwone kartki dla piłkarzy gości) trener gospodarzy Adam Topolski powiedział: - Wiedzieliśmy, że w bramce Ruchu stoi młody bramkarz. Dlatego przy rzucie wolnym Szczypkowski miał uderzać w światło bramki i zmusić golkipera do błędu. Po meczu w Lubinie Nowak już nie zagrał wiosną, a Niebiescy ostatecznie spadł do drugiej ligi. - Gdyby nie korupcja, Ruch nie spadłby z ekstraklasy - powiedział kilka dni temu były gracz Niebieskich Krzysztof Bizacki. Jak potoczyłaby się kariera Nowaka, gdyby nie degradacja chorzowian z pierwszej ligi tego się nie dowiemy.
Przez cztery następne sezony Sebastian Nowak grał w drugiej lidze. Początkowo walczył o miano bramkarza numer jeden z Markiem Matuszkiem. Po jego odejściu został pierwszym golkiperem Niebieskich. Wiosna 2004 roku miała należeć do Nowaka, ale piłkarz przegrał z... kontuzją. Kilka miesięcy rozbratu z futbolem spowodowało, że w bramce Ruchu najpierw musiał stać niewielkiego wzrostu junior Rafał Franke, którego po kilku fatalnych występach zastąpił... trener bramkarzy Ryszard Kołodziejczyk. To właśnie mistrzowi Polski z 1989 roku Ruch może zawdzięczać, że nie spadł do trzeciej ligi. Inna sprawa, że w tamtym sezonie na boiskach drugiego frontu działy się cuda.
Nowak do gry wrócił dopiero we wrześniu 2004 roku. Od razu piłkarz błysnął wysoką formą, w kilka meczach zostając najlepszym piłkarzem. Dobre występy w końcówce jesieni spowodowały, że piłkarzem zainteresowały się inne kluby. Jednak milion euro okazał się cena zaporową i golkiper nie trafił ani do norweskiego Tromsoe, ani później do Zagłębia Lubin. Pozostanie przy Cichej nie wyszło bramkarzowi na dobre. Piłkarz zaczął popełniać proste błędy, które kilka razy zadecydowały o wyniku meczu. Tak było m.in. podczas pojedynku w Radomiu z Radomiakiem, gdy w doliczonym czasie gry Nowak po prostej wrzutce wypuścił piłkę z rąk, a po chwili wyciągał piłkę z siatki.
Jesienią 2005 roku Sebastian Nowak doznał kolejnej kontuzji, ale tym razem po kilku tygodniach wrócił do składu. Zimą 2006 roku w Ruchu doszło do zmiany trenera. Dariusz Fornalaka zastąpił Marek Wleciałowski. Kolejna kontuzja, której golkiper Niebieskich doznał podczas przygotowań spowodowała, że bramkarz stracił miejsce w składzie na rzecz słabszego, ale grającego bardzo szczęśliwie Jarosława Paśnika. Do bramki Ruchu Nowak wrócił po czterech kolejkach w pojedynku w Nowym Dworze, zastępując ukaranego w 45. minucie czerwoną kartką Paśnika. Do tego momentu Ruch wiosną nie stracił gola. W meczu ze Świtem passę chorzowian zakończył w 93. minucie Paweł Buśkiewicz strzałem głową pokonując... Nowaka. Do końca rundy wiosennej Sebastian zagrał jeszcze tylko w dwóch meczach, gdzie puścił cztery gole.
Wśród kibiców czternastokrotnych mistrzów Polski zdania były podzielone. Część fanów Ruchu widziała w bramce Paśnika, a część Nowaka. Trener stawiał na tego pierwszego. Szkoleniowca broniły wyniki i... mistrzostwo wiosny, które wywalczył Ruch. Chorzowianie w końcu zaczynali odbijać się od dna.
Do bramki Niebieskich coraz bardziej sfrustrowany Nowak powrócił dopiero w następnym sezonie w "meczu jesieni", gdzie Ruch pokonał Zawiszę Bydgoszcz 2:0. Wcześniej bramkarz dostawał szansę gry w dwóch pojedynkach w rozgrywkach o Puchar Polski. Numerem jeden wychowanek Jastrzębia został dopiero po porażce Ruchu w Janikowie z Unią 0:4. Najlepszy występ zawodnik zanotował w 1/8 finału Pucharu Polski, gdzie w Krakowie Niebiescy wyeliminowali Wisłę wygrywając 2:1. Bramkarz Ruchu popisał się w tym pojedynku kilkoma znakomitymi interwencjami.
W trakcie zimowej przerwy Nowak mógł cieszyć się z odejścia z klubu Paśnika. Do zespołu z Cichej doszło jednak dwóch innych bramkarzy. Matko Perdijić i doświadczony Robert Mioduszewski nie ukrywali, że chcą walczyć o miejsce w pierwszym składzie. Temu drugiemu wystarczyły trzy kolejki, aby zająć miejsce popełniającego wiosną zbyt wiele błędów wiosną. Popularny "Miodek" ustąpił miejsca pochodzącemu z Jastrzębia Nowakowi tylko w meczu w Gdańsku z Lechią, który dla pewnego awansu do Orange Ekstraklasy Ruchu był spotkaniem "o pietruszkę".
Taki stan rzeczy zaważył, że Nowak zdecydował się odejść z Chorzowa. Latem bramkarz podpisał umowę z Górnikiem Zabrze, która miała zacząć obowiązywać od 1 stycznia 2008 roku. Działacze z Cichej postawili za zawodnika zaporową cenę i zabrzanom nie udało się sprowadzić zdolnego golkipera do siebie wcześniej.
Podpisanie umowy z lokalnym rywalem spowodowało, że większą część rundy jesiennej Nowak spędził zespole Młodej Ekstraklasy. Jednak w związku ze słabszą formą Roberta Mioduszewskiego i dobrymi występami Nowaka w rozgrywkach o Puchar Ekstraklasy, nowy bramkarz Górnika w sześciu ostatnich kolejkach bronił chorzowskiej bramki. Nie ze wszystkich swoich występów golkiper chorzowian mógł być zadowolony. Kibice na pewno będą pamiętać fantastyczną interwencję bramkarza w końcowych minutach pojedynku z Cracovią, gdy po strzale Marcina Bojarskiego Nowak fantastyczną paradą wyciągnął piłkę z okienka.
Po ostatnim meczu bramkarz Ruchu w kilku zdaniach podsumował okres gry spędzony przy Cichej. - Nie zastanawiałem się jeszcze nad tym, czy okres spędzony w Ruchu był dobry. Był to na pewno okres wzlotów i upadków. W tym klubie bardzo dużo się działo, jeśli chodzi o sprawy organizacyjno-finansowe. Myślę, że spadek z pierwszej do drugiej ligi miał wpływ na ten klub. Jestem zadowolony z tego, że udało mi się powrócić z Ruchem do ekstraklasy. Życzę temu klubowi, żeby grał o jak najwyższe cele. Wiadomo jakie są stosunki między kibicami Ruchu i Górnika. Cieszę się, że tak mnie kibice Niebieskich pożegnali. Dlatego wielki ukłon w ich stronę. Dziękuję im za te pięć lat. Wprawdzie po podpisaniu umowy z Górnikiem w moim kierunku słyszałem różne docinki. Jednak po ostatnim meczu z Cracovią pożegnali mnie fantastycznie i za to im dziękuję. Życzę im powodzenia - zakończył Nowak, który od 1 stycznia jest formalnie piłkarzem Górnika Zabrze.
2 marca na Stadionie Śląskim Niebiescy zmierzą się z Górnikiem. Czy były bramkarz Ruchu stanie w zabrzańskiej bramce w meczu przeciwko byłym kolegom?
