Takiej decyzji władz klubu i samego piłkarza można było spodziewać się od dłuższego czasu. Witkowski po pierwszym sezonie w Cracovii, w którym strzelił 6 bramek, w kolejnym po przyjściu w miejsce Stefana Majewskiego Artura Płatka wypadł ze składu Pasów. Ówczesny szkoleniowiec w czasie meczu z Jagiellonią Białystok ściągnął go z boiska już w 38. minucie gry, tłumacząc potem, że "nie będzie stawiał na graczy, którzy schodząc z murawy mają czyste spodenki", zarzucając tym samym Witkowskiemu brak zaangażowania w grę.
W styczniu 2009 roku Witkowski został wypożyczony do pierwszoligowego Górnika Łęczna i latem tego roku wrócił do Krakowa, ale w rundzie jesiennej pojawił się na boiskach ekstraklasy tylko trzykrotnie. Nowy trener Pasów, Orest Lenczyk - z czym się nie krył - nie był zwolennikiem talentu Witkowskiego i jego podejścia do zawodu.
Najlepszym momentem w historii występów "Wicia" w Cracovii był bez wątpienia mecz przeciwko Lechowi Poznań wiosną 2008 roku, w którym trzykrotnie w świetnym stylu pokonał Krzysztofa Kotorowskiego. Po tym spotkaniu Witkowski miał znaleźć się w orbicie zainteresowań Leo Beenhakkera.
W czasie 30-miesięcznego pobytu w Krakowie Witkowski wsławił się także tym, że w październiku 2007 roku wracając z partnerką do domu... pomógł człowiekowi, który został podpalony przez nieznanych sprawców. Według policjantów i pracowników pogotowia, interwencja Witkowskiego uratowała życie mężczyźnie.
Witkowski jest trzecim zawodnikiem, który po rundzie jesiennej rozstał się z Cracovią. Wcześniej Pasy opuścili także Dariusz Kłus i Damian Misan, których kontrakty wygasną 31 grudnia.
