W porównaniu z rokiem ubiegłym, zaszły jedynie kosmetyczne zmiany w składach grup. Wyjątkiem jest zespół OSSM PZKosz Warszawa, który w ubiegłym sezonie rywalizował w grupie A, natomiast od nowych rozgrywek występować będzie w grupie C.
Grupa A:
Astoria Bydgoszcz
AZS WSGK Kutno
Tempcold AZS PW Warszawa
Bonduelle Gniewkowo
UMKS Księżak Łowicz (beniaminek)
CWKS Legia Warszawa
KS NORGIPS Piaseczno
OSSM PZKosz Sopot
Rosasport Radom
SIDEn MMKS Toruń
AZS UMK Trójeczka Olsztyn (beniaminek)
BKS Tur Bielsk Podlaski
UKS System Łęczyce (beniaminek)
ŻTS Nowy Dwór Gdański
Grupa B:
AZS PO Opole
AZS PP Big Plus Poznań
AZS Radex Szczecin
Doral Nysa Kłodzko
MKKS Rybnik (spadkowicz z I ligi)
MKKS Zabrze
Open Basket Pleszew
OSSM PZKosz Wrocław (beniaminek)
Pogoń Prudnik
Spójnia Stargard Szczeciński
Szesnastka Częstochowa (beniaminek)
Tarnovia Tarnowo Podgórne (spadkowicz z I ligi)
VB Leasing Siechnice
Śląsk II Wrocław
Grupa C:
Alba Chorzów
AZS Radom
SSK Basket Kraków (beniaminek)
Cracovia Kraków
Hawajskie Koszule Żory
Limblach Limanowa (beniaminek)
MCKiS Jaworzno
OSSM PZKosz Warszawa
Pogoń Ruda Śląska
SKK Siedlce (beniaminek)
Start AZS Lublin (spadkowicz z I ligi)
UMKS Kielce
Wisła Kraków
Nowy sezon drugiej ligi koszykarzy rozpocznie się 27 września. Runda zasadnicza potrwa do 4 kwietnia 2009 roku. Po niej, najlepsze cztery zespoły z każdych grup rozpoczną walkę w fazie Play off o awans do pierwszej ligi (początek 18 kwietnia). Zarówno półfinały oraz finał toczyć się będą do dwóch wygranych.
