W zeszłym sezonie rozgrywki II ligi miały zostać rozegrane pierwotnie w dwóch grupach, ale po protestach drużyn grano w trzech (ze względu na oszczędności finansowe). Ostateczny podział w 2013/2014 zostanie uzależniony od ilości drużyn. Rozgrywki prowadzone będą w trzech grupach, jeśli liczba drużyn wyniesie minimum 33 zespoły. Natomiast grać będzie się w dwóch, jeżeli zespołów będzie mniej niż 33.
PZKosz planuje tak jak w latach ubiegłych podzielić sezon na dwie części. W etapie I zostaną rozegrane spotkania systemem mecz i rewanż każdy z każdym. Następnie osiem najlepszych drużyn rozegra play-off o mistrzostwo, a cztery ostatnie ekipy play-out o utrzymanie. Po zakończeniu rozgrywek awans i prawo gry w I lidze uzyska najlepsza drużyna z każdej grupy, a dwie ostatnie spadają klasę niżej.