Marc Janko występuje na pozycji napastnika. Jest wychowankiem Admiry Wacker. W pierwszym zespole tego klubu rozegrał tylko kilkanaście spotkań. W 2005 roku przeszedł do Red Bull Salzburg i grał w nim przez pięć lat. Następnie za siedem milionów euro odszedł do Twente Enschede. Po półtorarocznej przygodzie przeniósł się do FC Porto, a po kilku miesiącach do Trabzonsporu. Sezon 2014/2015 spędził w FC Sydney aż w końcu w podpisał kontrakt z FC Basel w którym gra do dnia dzisiejszego. Jest również ważnym zawodnikiem reprezentacji Austrii w której debiutował w maju 2006 roku.